网络研讨会:利用 GMS 3 处理原位视频数据

基于 CMOS 技术的新型 TEM 相机所产生的数据,其体量有可能大到无法以人工的方式去分析其中的每一帧原始数据。若我们以高时间分辨率、高空间分辨率进行数据采集,那么在一次电镜表征中就可能产生数百 GB 的原始数据,这一情形并不罕见。对此,我们面临的一个关键挑战在于如何从完整的原始数据集中搜寻并提取出包含了对我们有用信息的最小数据子集,从而进一步进行更为详细的分析,最终获取科学结论。同时,如何消除或减轻数据中的某些阻碍或掩盖了样品真实结构和动态行为的不利影响因素,例如样品的漂移和数据噪声,也是同样重要的挑战。

Gatan Microscopy Suite® (GMS),或 DigitalMicrograph® 软件提供的默认工具,以及脚本编写能力,能够帮助我们对成像数据进行处理和可视化。软件中的 IS Player 模块提供了针对原位成像数据流的各种处理工具。在本次网络研讨会中,通过对两组原位数据集的处理,演示了 IS Player 包含工具的处理能力;同时也会分享一系列使用窍门和技巧来帮助最大程度发挥这些内置工具的效用,并通过脚本编写实现这些内置功能的扩展。研讨会主题包括如下内容:

  • 数据尺寸缩减和降噪
  • 可视化和视频导出选项
  • 难处理数据的漂移校正
  • 运用滤镜改善漂移校正效果
  • 运用 Python 的脚本控制数据处理